În conformitate cu Statutul Bisericii Ortodoxe din Moldova, Eparhia este constituită din blagocinii, în fruntea cărora se află blagocini numiți de către Arhiereul eparhiei.
Hotarele și denumirea blagociniei sînt stabilite de către Arhiereu și Consiliul Eparhial.
La 22 ianuarie 2017, prin decizia Consiliului Eparhial, pe teritoriul subordonat Eparhiei de Edineț și Briceni s-au înființat 8 blagocinii.
Conform datelor recente, Eparhia de Edineț și Briceni este alcătuită din 137 de parohii, 3 case de rugăciuni și 4 capele.
BLAGOCINIA EDINEȚ — sectorul I s-a constituit în cadrul teritorial-administrativ al următoarelor localități: or. Edineț și satele din raionul Edineț — Alexăndreni, Bleșteni, Cepeleuți, Constantinovca, Ghincăuți, Gordineștii Vechi, Gordineștii Noi, Hlinoaia, Poiana, Rotunda, Tîrnova, Trinca.
Cu binecuvîntarea Înalt Prea Sfințitului Nicodim, Arhiepiscop de Edineț și Briceni, blagocinia Edineț — sectorul I este condusă de către protoiereul Serghei Panaite.
BLAGOCINIA EDINEȚ — sectorul II s-a constituit în cadrul teritorial-administrativ al următoarelor localități din raionul Edineț: Văratec, Bădragii Noi, Bădragii Vechi, Brînzeni, Corpaci, Cuconeștii Noi, Druță, Duruitoarea Nouă, Hancăuți, Horodiște, Pociumbăuți, Pociumbeni, Terebna, Viișoara, Zăicani.
Cu binecuvîntarea Înalt Prea Sfințitului Nicodim, Arhiepiscop de Edineț și Briceni, blagocinia Edineț — sectorul II este condusă de către protoiereul Ghenadie Dascăl.
BLAGOCINIA EDINEȚ — sectorul III s-a constituit în cadrul teritorial-administrativ al următoarelor localități: or. Cupcini și satele din raionul Edineț — Cupcini, Alexeevca, Brătușeni, Brătușenii Noi, Chetroșica Nouă, Chetroșica Veche, Chiurt, Fîntîna Albă, Gașpar, Onești, Parcova, Ruseni, Stolniceni, Șofrîncani.
Cu binecuvîntarea Înalt Prea Sfințitului Nicodim, Arhiepiscop de Edineț și Briceni, blagocinia Edineț — sectorul III este condusă de către protoiereul Dionisie Lupașco.
BLAGOCINIA BRICENI — sectorul I s-a constituit în cadrul teritorial-administrativ al următoarelor localități: or. Briceni și satele din raionul Briceni — Bălcăuți, Bulboaca, Caracușenii Noi, Colicăuți, Cotiujeni, Grimăncăuți, Groznița, Halahora de Sus, Larga, Mărcăuți, Mihăileni, Medveja, Tabani, Trebisăuți, Trestieni.
Cu binecuvîntarea Înalt Prea Sfințitului Nicodim, Arhiepiscop de Edineț și Briceni, blagocinia Briceni — sectorul I este condusă de către protoiereul Lilian Ciubatîi.
BLAGOCINIA BRICENI — sectorul II s-a constituit în cadrul teritorial-administrativ al următoarelor localități: or. Lipcani și satele din raionul Briceni — Balasinești, Beleavințî, Berlințî, Bezeda, Bogdănești, Caracușenii Vechi, Coteala, Corjeuți, Criva, Drepcăuți, Hlina, Pererîta, Slobozia Șirăuți, Șirăuți, Tețcani.
Cu binecuvîntarea Înalt Prea Sfințitului Nicodim, Arhiepiscop de Edineț și Briceni, blagocinia Briceni — sectorul II este condusă de către protoiereul Lilian Ciubatîi.
BLAGOCINIA OCNIȚA — sectorul I s-a constituit în cadrul teritorial-administrativ al următoarelor localități: or. Otaci, or. Frunze și satele din raionul Ocnița — Berezovca, Călărășeuca, Codreni, Lencăuți, Paustova, Naslavcea, Sauca, Unguri, Verejeni, Volcineț.
Cu binecuvîntarea Înalt Prea Sfințitului Nicodim, Arhiepiscop de Edineț și Briceni, blagocinia Ocnița — sectorul I este condusă de către protoiereul Alexandru Usatîi.
BLAGOCINIA OCNIȚA — sectorul II s-a constituit în cadrul teritorial-administrativ al următoarelor localități: or. Ocnița și satele din raionul Ocnița — Bîrnova, Bîrlădeni, Corestăuți, Clocușna, Dîngeni, Grinăuți-Moldova, Hădărăuți, Mereșeuca, Mihălășeni, Ocnița, Paladea, Rujnița.
Cu binecuvîntarea Înalt Prea Sfințitului Nicodim, Arhiepiscop de Edineț și Briceni, blagocinia Ocnița — sectorul II este condusă de către protoiereul Oleg Bacal.
BLAGOCINIA DONDUȘENI — sectorul I s-a constituit în cadrul teritorial-administrativ al următoarelor localități: or. Dondușeni și satele din raionul Dondușeni — Arionești, Boroseni, Braicău, Briceni, Cernoleuca, Corbu, Elizavetovca, Moșana, Pivniceni, Plop, Sudarca.
Cu binecuvîntarea Înalt Prea Sfințitului Nicodim, Arhiepiscop de Edineț și Briceni, blagocinia Dondușeni — sectorul I este condusă de către protoiereul Veaceslav Matiescu.
BLAGOCINIA DONDUȘENI — sectorul II s-a constituit în cadrul teritorial-administrativ al următoarelor localități din raionul Dondușeni: Baraboi, Codreni, Crișcăuți, Goleni, Frasin, Horodiște, Rediul Mare, Scăieni, Teleșeuca, Tîrnova, Țaul.
Cu binecuvîntarea Înalt Prea Sfințitului Nicodim, Arhiepiscop de Edineț și Briceni, blagocinia Dondușeni — sectorul II este condusă de către protoiereul Rodion Pleșca.